低聚果糖是一種水溶性膳食纖維，長期服用可以降低血清膽固醇，改善脂質代謝，經動物和人體實驗證實，果糖具有如下生理功能：為雙歧桿菌等有益菌所利用，即增殖10～100倍時雙歧桿菌(致病菌)，具有雙向調節之功效。
人體攝入果糖后，體內有益菌群雙歧桿菌數量可抑制外源致病菌和腸內固有腐敗細菌如沙門氏菌等生長繁殖，減少腸內腐敗物質的生長和積累，促進腸道蠕動，防止便秘和腹瀉。
低聚果糖是一種優良的水溶性膳食纖維，能有效降低血清膽固醇、甘油三脂、游離脂肪酸的數量，對于因血脂高而引起的高血壓、動脈硬化等一系列心血管疾病有較好的改善作用。果糖在大腸內被細菌發酵生成L-乳酸，可以溶解鈣、鎂、鐵等礦物質，促進人體對礦物質的吸收。
實驗證實，果糖促進鈣的吸收率達70.8%。因此，低聚果糖可以促進生長發育和防止骨質疏松癥。同時還可促進維生素B1、B2、B3、B6、B12及葉酸的自然形成，從而提高人體新陳代謝水平，提高免疫力和抗病力。預防及改善由于體內毒素而引起的皮膚性疾病，可防止面瘡、黑斑、雀斑，青春痘、老人斑，使皮膚亮麗、老化減緩。
雙歧桿菌吸收果糖后，迅速增殖，抑制大腸桿菌、沙門氏菌和梭狀芽胞桿菌等腐敗菌發生作用，減少毒性代謝物（如吲哚、亞硝基氨）的生成，同時迅速將毒性代謝物排出體外，減輕肝臟負擔，起到保護肝臟的作用，預防各種慢性病、癌癥等作用明顯，果糖極少會被消化道中的胃酸和酶分解，極難被人體吸收。
據測定，果糖的熱值為1.5Kcal/g以下，而蔗糖熱值為4.6Kcal/g，因此攝入低聚果糖后，不會引起肥胖，是理想的，低熱值的功能性甜味劑。果糖不能被突變鏈球菌利用生成不溶性葡聚糖而提供口腔微生物沉積\產酸和腐蝕的場所（牙垢），因此可以防止齲齒。
